Diagnosen stilles vanligvis raskt etter fødselen. Analatresi kan deles inn i to hovedgrupper; høy og lav analatresi. Klassifiseringen gjøres ut fra hvor tarmen ender og munner ut.

Høy analatresi
Ved høy analatresi ender tarmen over bekkenbunnsmuskulaturen, men har som oftest en utførselsgang, fistel. Hos gutter går fistelen til urinrøret eller urinblæra. Hos jenter kan det være en forbindelse til skjeden eller området rett utenfor. I meget sjeldne tilfeller kan det hos jenter være en felles utførselsgang for urinrør, skjede og tarm. Seks av ti barn med høy atresi har andre misdannelser i tillegg. VATER eller VACTerl er betegnelser på et symptomkompleks. Hver bokstav står for en misdannelse og Analatresi, her betegnet som A, inngår som en av flere.

Lav analatresi
Ved lav analatresi passerer tarmen gjennom bekkenbunnsmuskulaturen. Tarmen ender oftest i en fistel i området foran ytre lukkemuskel, perineum. Dette kan betraktes som en feilplassert åpning. I disse tilfellene kan misdannelsen overses og først oppdages senere når barnet får forstoppelsesproblemer fordi det har startet med fast føde. Hos gutter kan fistelen av og til munne ut under pungen. I sjeldne tilfeller kan tarmen ende blindt like innenfor huden.