Høy analatresi
Så fort diagnosen er stilt, lages det en midlertidig åpning for tarmen på magen. Dette kalles en avlastende stomi. Avføringen kommer da ut gjennom denne åpningen og samles i en pose på magen. Hovedoperasjonen, som går ut på å føre tarmen ned til ytre lukkemuskel og lage en åpning i huden, gjøres først noen måneder senere. Barnet beholder stomien til den nye åpningen er etablert og fungerer. Da lukkes stomien og denne delen av tarmen blir sydd sammen med tarmen som allerede er ført ned til lukkemuskelen /endetarmsåpningen.

Lav analatresi
Hvis endetarmsåpningen er feilplassert, flyttes denne til riktig sted i forhold til lukkemuskelen. Tidspunkt for denne operasjonen kan variere, men utføres som regel i første leveår. Hvis tarmen ender blindt like innenfor huden, lages åpning i huden så raskt som mulig etter at diagnosen er stilt.

Blokking
Etter at endetarmsåpningen er etablert må denne blokkes, holdes åpen/utvides. Dette er viktig for å hindre skrumping i arrområdet som igjen kan føre til for trang åpning. Foreldrene lærer å føre et metallinstrument ( Hegar dilatator ) 2-3 cm inn i endetarmen. Dette utføres hjemme og gjøres gjerne en tid (noen måneder) etter operasjonen.

Annen behandling og oppfølging
De fleste med lav analatresi får en tilfredstillende endetarmsfunksjon slik at de har kontroll over tarmtømningen. En del kan være plaget med forstoppelse og luftinkontinens.

Ved høy analatresi har muskulatur og nerveforsyning i endetarmsområdet utviklet seg dårligere i fosterlivet enn normalt. Det er dessuten forskjeller fra person til person. En undersøkelse med muskel og nervestimulator kan til en viss grad si noe om endetarmfunksjonen. En del får problemer med forstoppelse og/eller manglende kontroll over luft og avføring.

Noen med analatresi har også slappe magemuskler og nedsatt kraft i hofte, lår og setemuskulatur. En fysioterapeut kan vurdere den enkeltes behov for tilrettelegging av trening og fysisk aktivitet.

Fiberrik kost og avføringsmidler blir gitt mot forstoppelse. Hvis dette ikke hjelper nok eller hvis barnet mangler kontroll, kan tarmen tømmes regelmessig med en form for klyster. En forbedring av klystermetoden er å trekke blindtarmen ut til huden som en stomi. Åpningen kan brukes til å sette inn større mengder vann for å få tømt tarmen skikkelig. Er heller ikke dette en god løsning kan utlagt tarm, colostomi, være alternativet. Colostomi anbefales i en del tilfeller. Det kan være lettere å ha en synlig funksjonshemning enn å leve i konstant frykt for avføringslekkasje.

Det er viktig at en tar tarmfunksjonen på alvor og gjør noe for å lette barnets problemer allerede i småbarnsalderen. På den måten kan en forebygge og hjelpe slik at barnet ved skolestart har en optimal hverdag i forhold til sin tarmtømning. Det er viktig å vurdere både de psykososiale og de medisinske sidene før en foretar valg.